Die Helme entspringt nahe Stöckey im Eichsfeldkreis und fließt ostwärts durch die Gemeinden Hohenstein und Werther, bevor sie Sundhausen durchquert. Weiterhin durchzieht sie einen Teil der Goldenen Aue und speist den Stausee Kelbra. In Sachsen-Anhalt fließt sie zunächst ostwärts, später südwärts und mündet schließlich bei Artern in die Unstrut.
Bis Anfang der 1970er Jahre existierte in Sundhausen ein Wehr, von dem der Mühlgraben abzweigte. Dieser floss am Gasthaus Schmidt (heute „Seniorenzentrum Sundhausen“) vorbei, durch den Mühlgarten und wieder zurück in die Helme. Das Wehr war ein beliebter Treffpunkt zum Baden und Schwimmen in der Helme. Auch mit alten Flugzeugtanks oder mit selbstgebauten Flößen aus Autoschläuchen und Holzbrettern ließ sich hier herumschippern.

Obwohl die Helme im Sommer oft wie ein kleines, unscheinbares Flüsschen wirkt, kann sie nach starken Regenfällen oder während der Schneeschmelze zu einem reißenden und gefährlichen Fluss anschwellen.

In Sundhausen kam es immer wieder zu größeren Hochwassern, unter anderem am 18. Februar 1847, am 4. Februar 1909, am 5. Januar 1932, am 9. Februar 1946 sowie in den Jahren 1956, 1970, 1982, Januar 2003 und zuletzt an Weihnachten 2023.

Ein ausgeklügeltes System aus Flutbrücken, Hohlwegen und erhöhten Fußwegen aus Beton leitete früher das Hochwasser auf benachbarte Felder oder um den Ort herum. Im Zuge der Erneuerung der B 4 und der Uthleber Straße sowie der Helmeregulierung Anfang der 1970er Jahre wurde das Wehr entfernt, der Mühlgraben und der Flutgraben zugeschüttet und die Helme begradigt und flacher gestaltet.

Nach 1990 wurden Teile des Gewerbegebiets, das Autohaus Reisner und einige neuere Wohnhäuser im ehemaligen Überschwemmungsgebiet errichtet.

Die vorerst letzten Umbaumaßnahmen an der Helme fanden 2011 statt. Dabei wurde der Fluss renaturiert, erhielt ein breiteres Flussbett und zuvor begradigte Mäander wurden wiederhergestellt. Dämme und Flutmauern wurden erneuert und oberhalb des Ortes wurde ein Polder mit einem automatischen Klappenwehr errichtet, um die Spitze von Flutwellen abzumildern.