Der sächsische König und deutsche Kaiser Otto I., der 936 bis 973 regierte, vermachte dem Nonnenkloster in Nordhausen, das von seiner Mutter, der Königin Mathilde gestiftet worden war und nahe dem Dom lag, Ländereien in Sundhausen. Diese Ländereien müssen demnach bis dahin zum Reichshof, also zur Burg Sundhausen gehört haben. Die Reichshofländer standen jeweils unter der Verfügungsgewalt des regierenden Kaisers oder Königs.
Um das Jahr 1200 verkaufte Graf Dietrich I. von Honstein (Hohenstein) dem Kloster Ilfeld 23 Markscheffel Getreide wiederverkäuflich aus dem Sundhäuser Gut und schenkte diesem Kloster sogar die Kirche zu Sundhausen, die dadurch wahrscheinlich mit ihren Ländereien abgabepflichtig an Ilfeld wurde. 1249 wurde diese Kirchenstiftung durch den Erzbischof von Köln als päpstliches Legat oder Geschenk bestätigt und 1253 nochmals genehmigt. So reichten also Sundhausens Beziehungen damals bis Köln.
1219 erklärte Kaiser Friedrich II., der 1212 bis 1250 regierte, daß ihm Graf Elgar III. von Honstein eine Hufe Landes in Sundhausen zu Lehen aufgetragen habe. Eine Hufe war das Durchschnittsmaß bäuerlichen Grundbesitzes, etwa 30 Morgen groß. Die Grafen von Honstein waren also, wenn nicht Landbesitzer, so doch mindestens Landpächter in Sundhäuser Flur.
1220 machte dieser Kaiser Friedrich II. Nordhausen zu einer freien Reichsstadt, d.h. er befreite es von der Verpflichtung, regelmäßig Steuern an das Reich zu zahlen. Von nun an nimmt Nordhausen im Laufe von rund 200 Jahren seine mittelalterliche Eigenart an, die es bis zu seiner Zertrümmerung 1945 deutlich erkennen ließ und auch heute noch nach beträchtlichem Wiederaufbau ahnen läßt. Als freie Stadt mußte sich Nordhausen vor seinen Feinden selbst schützen. Das tat es vor allem dadurch, daß es sich mit einer festen Stadtmauer umgab. Da der alte Reichshof Sundhausen ursprünglich zum Reichshaupthof oder Nordhäuser Königshof gehörte, Sundhausen also an Nordhausen gebunden und verpflichtet war, legte der Kaiser den Sundhäusern die Pflicht auf, an Nordhausen alljährlich zu Pfingsten 24 Fuder Steine zum Bau und zum Ausbessern der Stadtmauer zu liefern. Auch andere Dörfer mußten solche Lasten tragen. Zwei Nordhäuser Ratsherren hatten für pünktliche Anlieferung der Steine zu sorgen. Die Sundhäuser brachen ihre Steine bei Steinbrücken. So erklärt sich dieser Ortsname nicht als Ort mit einer steinernen Brücke, sondern als Ort mit nahen Steinbrüchen. Das waren die sogenannten Wertherschen Steine, nämlich Kalksteine, die als sehr haltbar galten. Sie fanden neben den Rüdigsdorfer und den Nüxeier Steinen reichliche Verwendung beim Häuserbau und z.B. auch beim Nordhäuser Dom- und Kapitelbau. Diese Steinbeschaffungspflicht lag unserem Dorfe bis 1659 ob. Als Gegengabe von seiten der Stadt waren die Sundhäuser Bauern in Nordhausen beim Verkauf ihrer Waren frei von Zoll.
Um 1220 wurde das 6 Hufen große Sundhäuser Gut der Grafen von Honstein Eigentum der Grafen von Werna. (Werna liegt zwischen Ellrich und Ilfeld.) Der erste der Wernaer Gutsherren mit Namen Berthold wird 1247 erstmalig genannt . Er war der „advocatus“, d.h. der Rechtsberater des Grafen Dietrich I. von Honstein, bezog die Burg Sundhausen 1259 und nannte sich nun Ritter von Sundhausen.
1254 erhielt das Kloster in Ilfeld von dem Freiherren Kunemund von Sondershausen 5 Hufen Sundhäuser Land zugesprochen. Hier scheint sich ein zweites selbstständiges Gut in Sundhausen zu melden.
1263 erhielt dasselbe Kloster wiederum einige Hufen Landes von den drei Brüdern Hildebrand, Friedrich und Eckard von Sundhausen, dazu von dem Ritter Heinrich Girbuch das Fischereirecht von der Rodebrücke bis zum Dorfe Sundhausen, also bis zum Mühlgraben.
1265 wohnt auf der Sundhäuser Burg ein Ritter Konrad von Sundhausen.
1276 schenken die Herren von Werna an das Frauenberger Kloster in Nordhausen Sundhäuser Land.
1289 erhält das Kloster Ilfeld 6 ½ Hufen Sundhäuser Land als Honsteinsches Lehngut der Herren von Mützscheval.
1327 erbauten die Honsteiner Grafen das Schloß in Heringen und bildeten das Amt Heringen, das von Görsbach bis Hain reichte. Auch Sundhausen gehörte dazu. 1432 und 1439 wurde dieses Amt Heringen an die Grafen von Schwarzburg und die von Stolberg verkauft. Die Stolberger verloren ihren Anteil wieder, und 1593 erfolgte die Einweisung des Grafen Wilhelm von Schwarzburg in den Besitz des ganzen Heringer Amtes. So kam Sundhausen an Schwarzburg.
Erst 1815 auf dem Wiener Kongreß geht das Amt Heringen an Preußen über. Preußen zahlte eine Abfindungssumme von 466 666 Taler an Schwarzburg. Nun erhält der Graf zu Stolberg das Patronat, d.h. die Oberaufsicht über die Kirchen unserer Dörfer. Sundhausen gehört heute noch (1961) zum Kirchenkreis Stolberg, und die Kirchensteuern sind an das „Evangelische Kirchensteueramt Stolberg-Roßla in Roßla“ zu zahlen.
1333 bittet Graf Heinrich der Ältere von Honstein den Erzbischof Heinrich von Mainz nochmals, dem Abt des Klosters Ilfeld den Besitz der geschenkten Pfarrkirchen Sundhausen, Hesserode, „Saxwerfen“ und noch anderer zu bestätigen.
1335 erhält Kloster Ilfeld 11 ½ Hufen Honsteinsches Lehnsgut der Ritter von Sundhausen.
1359 erhält dasselbe Kloster Heldrungsche Lehngüter der Herren von Werthern in Sundhausen.
1497-1509 wohnt auf der Sundhäuser Burg der Ritter Hans von Sundhausen. Sein Wappen wird so beschrieben: Vor einem aufrecht stehenden Wolf und hinter mehreren erhabenen Querbalken war ein Helm mit zwei Flügeln zu sehen; der Schild war gespalten. An diesen Ritter Hans verlieh das Domstift in Jechaburg durch den Erzbischof Adelbert von Mainz die Ländereien von Nentzelsrode und Ascherwenden im Jahre 1506. Ritter Hans wurde 1497 zum Stadthauptmann von Nordhausen ernannt. Er blieb es bis zu seinem Tode 1509. Er erhielt von der Stadt einige Pferde, auch wurden ihm eine Anzahl Waffenknechte unterstellt, und man zahlte ihm ein Jahresgehalt von 50 Gulden. Dafür war er verpflichtet, auf Anruf jederzeit aus seiner Burg der Stadt zu Hilfe zu eilen.
Die Burg Sundhausen muß zu jener Zeit eine wehrhafte Burg gewesen sein mit Wachtturm, wassergefülltem Graben und einer Zugbrücke auf der Nordseite und mit großen, hochgewölbten Kellerräumen, die heute noch zu sehen sind. Die Zugbrücke ließ Alfred von Karlsburg wegen Einsturzgefahr nach 1870 beseitigen. Auch ließ er den Graben auf der Hofseite zuschütten. Im Park ließ ihn Kommerzienrat Schreiber nach 1900 einebnen. Ein Rest ist auf der Westseite immer noch als wenig schöner Tümpel vorhanden. Auch der aus dem Dorfe vom Mühlgraben kommende Wasserzuleitungsgraben beginnt erst gegenwärtig, d.h. 1959, zu verschwinden, seitdem erlaubt wurde, das Grabenstück „Hinter der Mauer“ zwischen Rinne und Gutsweg zuzuschütten. 1965 ist von solchem Graben nichts mehr zu bemerken.